清朝时期,今大理州地域分别隶属于大理府、丽江府、永昌府和蒙化府直隶厅。
鄂尔泰任云贵总督时,进行了大规模的“改土归流”,大理地区被划为云南的内地。《蛮司志》卷八载:“版籍其地,加以经化,创置云南、楚雄、临安、大理诸府为内地;更以元江、永昌之外麓川、车里诸地为西南夷,一如旧时成都之视滇池。”大理府为迤西道治所,大理提督驻地,领州四、县三、长官司一。领州:赵州、邓川州、宾川州、云龙州;领县:太和县、云南县、浪穹县;长官司:十二长官司。太和县:大理府治所,在今大理市境。赵州:在今大理市凤仪及弥渡县红岩一带。云南县:明属赵州,清顺治初改隶大理府,在今祥云县。邓川州:在大理府北,即今洱源县邓川,雍正四年(1726年)废土知州,设流官。浪穹县:明属邓川州,清顺治初改隶大理府,在今洱源县邓川以北地区。宾川州:在大理府东,今宾川县域。云龙州:在大理府西,今云龙县域。十二长官司,在今祥云县东北十二关地。丽江府:顺治十六年(1659年)改为土府,雍正元年(1723年)“改土归流”,设流官。领厅二、州二、县一,其中鹤庆州、剑川州为今大理州地域内的鹤庆县和剑川县。鹤庆州:明为鹤庆军民府,领剑川州、顺州。
乾隆三十六年(1771年)降为州,归丽江府。剑川州:明属鹤庆军民府,乾隆三十六年(1771年)鹤庆降为州后,改隶丽江府。蒙化直隶厅:明为蒙化府,康熙四年(1665年),置流官,设掌印同知。雍正七年(1729年)楚雄府之定边县(南涧)划归蒙化府,乾隆三十五年(1770年)改为直隶厅。在今巍山县。永平县:隶永昌军民府,即今永平县。清宣统三年(1911年)辛亥革命爆发,云南也于同年农历九月初九日(10月27日)爆发“重九”起义,成立云南省军政府。
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